Es gibt eine städtische Legende, die Kinder einander erzählen, über einen Shinigami, der Menschen von ihrem Schmerz befreien kann. Dieser "Engel des Todes" hat einen Namen – Boogiepop. Und die Legenden sind wahr. Boogiepop ist real. Die Geschichte wird nicht-linear erzählt und fordert den Leser auf, die Abfolge der Ereignisse zusammenzusetzen, um die Geheimnisse zusammen mit den Charakteren zu lösen.
Nur wenige Menschen sind echt. Suiko Minahosi war es. Nun ist sie tot. Was von ihr bleibt, ist die Botschaft, dass manchmal im April Schnee fällt. Einige Schüler der Shinyo-Oberschule hören diese Botschaft in ihren Träumen. Sie alle finden sich in den Beratungsgesprächen von Jin Asukai wieder, der über eine besondere Gabe verfügt: Er weiß immer, was seinem Gegenüber fehlt. Doch dann taucht ein Wesen auf, das seine Opfer manipuliert, um sie auf die Suche nach seinem Feind Boogiepop zu schicken ...
Wenn die Abenddämmerung einsetzt, wird es gefährlich rund um die Shinyo-Oberschule. Immer mehr Schülerinnen verschwinden spurlos. In den Gängen der Schule raunt man sich hinter vorgehaltener Hand den Grund zu – eine mysteriöse Gestalt namens Boogiepop mit einem schwarzen Zylinder und langem Mantel soll ihr Unwesen auf dem Gelände treiben. Die mutige Nagi Kirima ist fest entschlossen, den merkwürdigen Vorkommnissen auf die Spur zu kommen: Was hat es mit der benebelnden Droge auf sich, die unter den Schülern die Runde macht? Sind die verschwunden Mädchen wirklich alle von zu Hause ausgerissen? Und noch während Nagi versucht, die spärlichen Hinweise zu einem großen Ganzen zusammenzufügen, gibt es die ersten Toten…